Акропора миллепора доминирует в коралловых рифах Индийского и западной части Тихого океанов .
Этот вид распространяется в неглубоких тропических водах Южной Африки на север к Красному морю, на востоке в тропической западной части Тихого океана. Акропора миллепора развивается в условиях достаточного освещения .
Cвет часто рассматривается как фактор, который ограничивает максимальную глубину роста кораллов. Все кораллы — колониальные сидячие животные. Основу колонии образует минеральный скелет .
В природе они конкурируют с водорослями за среду обитания .
Во время размножения независимо от конкуренции, рост кораллов значительно снижается. При снижении темпов роста образуются мелкие колонии, и уменьшается количество полипов. Создается относительно недифференцированная основа скелета в контактовой зоне, которая осуществляет связь между полипами .
Акропора миллепора обитает в симбиозе с одноклеточными водорослями и усваивает углекислый газ. Динофлагелляты, таких как зооксантеллы, поселяются в кораллах и снабжают их продуктами фотосинтеза .
Кораллы способны захватывать и поглощать частицы пищи из самых разнообразных источников, в том числе из воды фитопланктон, зоопланктон и бактерии .