А что вы дожидались? С чем они именно должны справиться? С транспортом аммиака в нитрат? Справятся, только время, за которое они это сделают значительно отличается от того, за которое этот процесс осуществит крупный внешний фильтр.
Выражаясь простым языком, при перекорме, или любой аналогичнной нештатной ситуации, когда уровень аммиака возрастает резко, скачком и значительно без приличного внешника вероятность того что рыба ляжет сразу или позже в разы выше, чем если будет стоять внешний фильтр.
Аналогично сравнение аквариума на внутренниках и внешниках. С внешниками шансы у рыб в описанной выше ситуауции значительно выше.
При отсутствии нештатных ситуаций при грамотно подобранных внутренниках сообразно объему в принципе никакой разницы в функционировании аквариума мы, вполне вероятно, не заметим, с той лишь разницей, что мыть внутренники (или губки с помповых головок) придется часто и регулярно и их (внутренников) должно быть достаточное количество.
ЗЫ. Напомню, что тема называется "Внешние фильтры для аквариума на 980 литров". Следовательно, внутренники обсуждаем не в ней.