Растение с длинными листьями - валлиснерия. Достаточно непихотлива, но в горшке тоже легко погибнет. Дело в том, что при изменении условий содержания (а переселение в другой аквариум, это, несомненно, изменение условий) старые листья валлиснерии могут болеть и деградировать (это не всегда происходит) а от корня потом идут уже здоровые отводки, приспособленные к Вашему грунту и воде. В данном случае отводкам просто негде образовываться и некуда выйти - стаканчик маленький, сверху булыжники. Так она и загнется.
Что Вам нужно сделать: выбросить из большого аквариума булыжники, засыпать дно мелким грунтом, (можно как в горшочке, проверьте его уксусом только) и высадить валлиснерию на свободу. Если хотите анубиас тоже высадить в грунт, то проследите, чтобы ризома была над поверхностью. Замена грунта сослужит Вам хорошую службу еще в том плане, что появится больше места для нитрифицирующих бактерий, которые очень Вам необходимы ввиду некоторого перенаселения аквариума.
Такое ощущение, что там 3-4 см фракция))))Пфаргер Эрика галька 1-2см
А как Вы сифоните эти булыжники?
Про свет Вы ничего не написали - его возможно придется улучшить.