Я правильно понимаю, ни структура, ни темпы роста у низших за месяц не изменились?
Я бы перезапустил и не морочился. Если, конечно, дело не во входящей воде. Можно попробовать перейти на восстановленный осмос или бутилят приличный перед перезапуском.
Бурые или диатомовые (в данном случае вообще не суть) идут из-за частых подмен, это не страшно, это не проблема.
А фосфат и нитрат тут особо не при чем. Все эти канониальные ориентировки на соотношение Редфилда это лишь вершина айсберга.
Во входящей воде может быть что угодно, чего вы никогда не увидите и не узнаете. И именно это что-то может быть причиной чего-то что вам не нравится :-)